يقع المسجد على الواجهة البحرية لمدينة القل لولاية سكيكدة، وتنقل الروايات التاريخية أن أصل هذا المسجد هو معبد روماني لآلهة البحر والمحيطات “نبتون”، وفي العهد العثماني كان الحاكم “أحمد باي القلي” قد وعد سكان المنطقة، أنه إذا أصبح حاكما أن يبني لهم مسجدا.
وبمرور الزمن عين القلي حاكما في قسنطينة، فاتصل به أعيان من سكان هذه المنطقة لتذكيره بوعده، فجاء بنفسه لمعاينة المكان، ثم أمر ببناء المسجد في هذا المكان بالذات، وكان ذلك سنة 1756م، وتم بناؤه ببقايا بنايات فينيقية ورومانية، من أعمدة وتيجان وحجارة منحوتة، وهو ما أثبتته الحفريات والآثار، فتحول هذا المعبد القديم إلى زاوية لتدريس القرآن الكريم وعلوم الدنيا والدين، وكان أول من درس فيه الشيخ سيدي علي الكبير الذي سمي المسجد بعده باسمه.
للمسجد باب وأربع نوافذ وقاعة للصلاة، وقيل إن المصلين كانوا سابقا يتوضؤون من ماء البحر القريب من المسجد، وبتزايد عدد السكان بدأت توسعة المسجد، فأنشئ للمسجد مكان للوضوء خارج قواعده، ثم ضمت فيما بعد هذه المساحة إليه، وفي سنة 1933 تمت توسعة جديدة للمسجد ليستطيع استقبال عدد أكبر من المصلين.
وقد استعمله عدد من المجاهدين، أثناء الثورة التحرير المباركة مركزا لتخطيط للعمليات الفدائية، حيث كان عدد من البحارة وبخاصة أصحاب القوارب من “الفدائيين” يخفون فيه الأسلحة والألبسة والمؤونة لدعم الثورة المباركة، قبل نقلها عبر قواربهم إلى نقاط تواجد المجاهدين عبر الشريط البحري في غرب الولاية وفي المناطق “المحرمة” المحاصرة، كما يتم إخفاء المصابين من المجاهدين، سيما في أحداث 20 أوت 55 المباركة.
في بداية سنوات الثمانينات تم بناء ملحقات تابعة لهذا المسجد باعتبار أن المسجد أثري، ولا يمكن إحداث أي تغيير عليه.
وقد شهد المسجد عدة عمليات ترميم، كانت أول عملية في سنة 1933 في فترة الاستعمار الفرنسي، ثم في سنة 1985 كانت أول عملية في عهد الاستقلال، وجاءت عملية الترميم الأخيرة سنة 2013، لتعيد للمسجد الكثير من وجهه التاريخي والمعماري القديم.
