بالرغم من الفوائد المعروفة للثوم، إلاّ أنّ عددا كبيرا من الدراسات العلمية أثبتت أنّ التناول المفرط للثوم يؤدي إلى مشاكل هضمية وأوجاع في القولون، وفي بعض الحالات الإصابة بإلتهاب الأمعاء وفي حالات أخرى الإحساس بحرقة معدة أو الغثيان إلى درجة التقيؤ، لذا ينصح المختصون الأشخاص الذين لديهم مشاكل في القولون بالابتعاد عن تناول أكثر من حبة من الثوم يوميا. كما أنّ الإفراط في تناول الثوم يتسبب في خروج رائحة مع التنفس من الفم ويفيد في التخفيف من رائحته شرب كأس من الحليب أو مضغ عرق بقدونس أو حبة هيل أو عود قرنفل أو قليلا من اليانسون أو الكمون أو قطعة من التفاح أو عمل سلطة طماطم معه.
