واجهت مالي بعد استقلالها تحديا صعبا لازالت تعاني منه إلى غاية اليوم، تمثل في الصراع على كرسي الحكم. وتداول 5 رؤساء على حكم الجمهورية المالية، اطيح باربعة منهم عن طريق الانقلاب العسكري، وكان مبيدو كيتا، اول رئيس لمالي المستقلة، وامتدت فترة حكمه الى غاية 1968، واطاح به موسى تراوري الذي مكث في الحكم الى غاية 1991 بعد ان اصدر دستورا جديدا جعل من مالي دولة الحزب الواحد، وتم انهاء حكمه عن طريق الرئيس السابق حامادو تومانو توري، اشرفت حكومة انتقالية  على التحول الديمقراطي.
اجريت أول انتخابات رئاسية ديمقراطية عام 1992، فاز فيها الرئيس ألفا عمر كوناري، الذي اعيد انتخابه عام 1997، وسار في نهج الإصلاح السياسي والاقتصادي ومحاربة الفساد. خلفه عام 2002  الرئيس حامادو توماني توري. الذي فاز هو الاخر بعهدة ثانية سنة 2007 وقبل نهاية عهدته بـ15 يوما، اطاح به النقيب امادو هايا سانوغو في 22 مارس 2012، وكان ذلك سببا مباشر في فقدان السيطرة على الشمال، وتعقيد الازمة التي اسفرت عن التدخل العسكري.
ونجم عن تدخل الجيش في الحياة السياسية سلطة هشة، اسست لديمقراطية الواجهة وعمقت الشرخ بين الطبقات السياسية والمجتمع، وتجلى ذلك في نسب العزوف عن المشاركة في صنع القرار عبر صناديق الاقتراع.