هناك العديد من التحديات التي تواجه الاتحاد الإفريقي، تستوجب العمل على حلها مع الدول الأعضاء، في مقدّمتها دعم الحكم الراشد، وترسيخ مؤسسات الدولة داخل القارة حتى تعمل على تحسين حياة المواطنين، وتقوية محكمة العدل الإفريقية والدفاع عن حقوق الإنسان

دعم الحكم الرشيد: هناك العديد من الدول في القارة الافريقية بحاجة ماسة إلى إصلاح مؤسسي لضمان حكم القانون وتحسين حماية حقوق الإنسان وتحقيق النمو الاقتصادي الشامل، ومن المهم الإشارة إلى أنه حتى الدول التي تبدو آمنة لا يزال بعضها يعاني من أنظمة حكم يعوقها الفساد ولا رقابة عليها.
 ومن الأهداف طويلة الأمد للاتحاد الإفريقي يجب أن تكون حشد الدعم عبر القارة للإصلاح المؤسسي لفعل التالي:
1 ـ إنتاج دساتير لا يمكن التلاعب بها من طرف النخب السياسية لتحقيق مآرب سلطوية خاصة.
2 ـ عملية حكم تتسم بالفصل بين السلطات وقدرة على المساءلة والمحاسبة، وعلى الأقل استقلالا قضائيا يجب أن يكون محميا وجهازا تشريعيا يعطى قدرا كافيا من الاستقلالية لكي يكون فاعلا للرقابة على الحكومات وعلى الرؤساء ..
إنشاء مؤسسات لتحسين حياة المواطن العادي: الهدف حمايته من أيّة انتهاكات، بالإضافة إلى إشراكه بصورة كاملة في الحكم.
تقوية محكمة العدل الإفريقية وحقوق الإنسان: فالمحكمة بحاجة إلى سلطة لتكون بحق أداة قانونية فعالة لحماية حقوق الإنسان في كل دول القارة، بما في ذلك التعامل مع الجرائم التي يتم إحالتها حاليًا إلى المحكمة الجنائية الدولية في لاهاي.
تسهيل التكامل الاقتصادي: حاليًا العديد من الدول الإفريقية لديها اقتصادات صغيرة نسبية وليست فاعلة وبالتالي ليست قادرة على الانخراط في عملية الإنتاج التي يمكن أن تستغل وتستفيد من الاقتصاد التكنولوجي على نطاق واسع، والتكامل يمكن زيادته بصورة كبيرة بين تلك الاقتصادات لتحسين قدراتها على الإنتاج والمنافسة عالميًا.
وفي الواقع، إن التكامل على المستوى الإقليمي وخاصة إذا دعمه الاتحاد الإفريقي على سبيل المثال يمكن أن يساعد الدول الصغيرة بصورة فاعلة لبناء والحفاظ على بنية تحتية مثل الطرق والجسور والجامعات ومراكز البحث العلمي والمشروعات الأخرى التي تتطلب استثمارات مبدئية كبيرة.
تحويل الاتحاد من مراقب إلى لاعب فاعل: أثناء السنوات القليلة الماضية ضربت القارة عمليات إرهابية كبيرة، ولكن الاتحاد الإفريقي ظلّ مراقبًا بصورة أساسية، وعندما يتعلق الأمر بمكافحة الإرهاب، يجب على الاتحاد الإفريقي أن يجعل من تحسين أوضاع ضحايا تلك العمليات الدموية هو شغله الشاغل، إذ يجب أن يعمل مع الدول الوطنية والمنظمات الإقليمية مثل منظمة غرب إفريقيا والإيكواس، ولكن لا يجب أن يسمح لتلك المجموعات المحلية أن تعرقل عمله وتدخله عندما يهدف إلى إنقاذ الأرواح أو يمنع كوارث عن طريق إنشاء برامج قوية وفاعلة، لذلك يجب أن يعمل الاتحاد الإفريقي بجد وعزيمة وقوة لتطوير إطار عام فاعل لمكافحة الإرهاب يمكن أن يتعامل بكفاءة مع الإرهاب ويساعد الدول الأعضاء على استهداف ومخاطبة الأسباب التي يمكن أن تساعد في تقوية الإرهاب. ولكن الآليات الحالية ليست ذات جدوى.
مواجهة الفقر وعدم المساواة: يعتبر الفقر المدقع وعدم المساواة في الوصول إلى الفرص التحديات الأساسية لكل دول الاتحد الإفريقي، ففي تقريره «أجندة 2063» وعد الاتحاد الإفريقي بمواجهة تلك القضايا وتحسين ما أسماه «النمو الاقتصادي الشامل والتنمية المستدامة»، تلك القضايا بالطبع متداخلة ومرتبطة بالعديد من التوصيات التي تحدثنا عنها سابقًا، فعلى سبيل المثال بدون سلام لن تستطيع أي دولة إفريقية أن تتعامل مع أنواع النشاطات الاستثمارية التي يمكنها تحسين النمو الشامل والتنمية المستدامة، وبالتالي فمن المهم للاتحاد الإفريقي أن يروج لحكم القانون، وبالتالي يخلق البيئة المساعدة لظهور مجتمعات استثمارية توفر للمواطنين تحقيق ذاتهم.